陈晓亚于1982年毕业于南京大学生物学系。此后赴英国留学,1985年在雷丁大学(英语:University of Reading)获博士学位。 1994年起在中国科学院上海植物生理研究所从事研究工作。1999年中国科学院上海生命科学研究院成立后任职于植物生理生态研究所,曾出任所长、植物分子遗传国家重点实验室主任等职。[2]2005年当选为中国科学院院士,现任中科院上海生命科学研究院院长、植物分子遗传国家重点实验室主任、中国植物生理学会常务副理事长、国际棉花基因组协调委员会(ICGI)委员等职。 [3]2008年出任上海生命科学研究院院长,[4]同年当选发展中国家科学院院士。