蛋白質資料庫
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數據格式 | PDB |
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蛋白質資料庫(Protein Data Bank,簡稱PDB)是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的數據庫。由Worldwide Protein Data Bank監管。PDB可以經由網絡免費訪問,是結構生物學研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權威,各個主要的科學雜誌、基金組織會要求科學家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎上,還發展出來若干依據不同原則對PDB結構數據進行分類的數據庫,例如GO將PDB中的數據按基因進行了分類。這些資料和數據一般是世界各地的結構生物學家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得,並釋放到公有領域供公眾免費使用。
歷史
PDB的歷史可以追溯到1971年,當時布魯克黑文國家實驗室的Walter Hamilton決定在Brookhaven建立這個數據庫。1973年Hamilton去世後,Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月,以色列魏茨曼科學研究學院的Joel Sussman被任命為PDB負責人。在1998年10月,PDB被移交給了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB),並與1999年6月移交完畢,新的負責人是羅格斯大學(Rutgers大學)(RCSB成員)的Helen M. Berman。2003年,PDB作為wwPDB的核心,成為了一個國際性組織。同時,wwPDB的其他成員,包括PDBe(歐洲)、RCSB(美國)、PDBj(日本)也為PDB提供了數據積累、處理和發布的中心。BMRB 於2006年加入[1]。值得一提的是,雖然PDB的數據是由世界各地的科學家提交的,但每條提交的數據都會經過wwPDB工作人員的審核與註解,並檢驗數據是否合理。PDB及其提供的軟件現在對公眾免費開放。
內容
![](http://images.weserv.nl/?url=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/24/Protein_structure_examples.png/220px-Protein_structure_examples.png)
![](http://images.weserv.nl/?url=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/10/Rate_of_Protein_Structure_Determination-2014.png/400px-Rate_of_Protein_Structure_Determination-2014.png)
PDB數據庫每週更新(UTC+0 星期三)。 同樣,PDB館藏列表[2]也每週更新一次。 截至截至2017年3月14日[update],現有統計信息如下:
實驗 方法 |
蛋白質 | 核酸 | 蛋白質/核酸 複合物 |
其他 | 總數 |
---|---|---|---|---|---|
X射線晶體學 | 106595 | 1820 | 5471 | 4 | 113890 |
核磁共振 | 10296 | 1190 | 241 | 8 | 11735 |
電子顯微鏡 | 1021 | 30 | 367 | 0 | 1418 |
混合 | 99 | 3 | 2 | 1 | 105 |
其他 | 181 | 4 | 6 | 13 | 204 |
總數: | 118192 | 3047 | 6087 | 26 | 127352 |
- PDB中的103,514個結構具有結構因子文件。
- 9,057個結構具有NMR約束文件。
- PDB中的2,826個結構具有化學位移文件。
- PDB中的1,403個結構在EM Data Bank中存有3DEM地圖文件
這些數據表明大多數結構是由X射線衍射確定的,但是現在約10%的結構由蛋白質NMR確定。 當使用X射線衍射時,獲得蛋白質原子坐標的近似值,而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值。 因此,在後一種情況下,通過求解距離幾何問題來獲得蛋白質的最終構象。 一些蛋白質由低溫電子顯微鏡確定。 (單擊原始表中的數字將顯示由該方法確定的結構示例。)
上述結構因子文件的意義在於,對於具有結構文件的由X射線衍射確定的PDB結構,可以查看電子密度圖。 這些結構的數據存儲在「電子密度服務器」上[3][4] 。
過去,PDB的結構數量以近似指數的速度增長,通過了1982年的100個註冊結構里程碑,1993年的1,000個,1999年的10,000個,以及2014年的100,000個[5][6]。然而,自2007年以來,新蛋白質結構的積累速率似乎已經趨於穩定。
以下為PDB成員網站
參見
參考文獻
- ^ BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02]. (原始內容存檔於2020-10-20).
- ^ PDB Current Holdings Breakdown. RCSB. [2018-04-22]. (原始內容存檔於2007-07-04).
- ^ The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06]. (原始內容存檔於2021-03-21).
- ^ Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777. doi:10.1107/S0907444904013253.
- ^ Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514. doi:10.1038/509260a.
- ^ Content Growth Report. RCSB PDB. [2013-04-06]. (原始內容存檔於2007-04-28).
外部連結
- (英文)PDB的官方網站(總站) (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館),區域網站(下)
- (英文)The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)— parent site to regional hosts (below)
- wwPDB Documentation (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) — documentation on both the PDB and PDBML file formats
- (英文)Looking at Structures (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) — The RCSB's introduction to crystallography
- (英文)PDBsum Home Page (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) — Extracts data from other databases about PDB structures.
- (英文)Nucleic Acid Database, NDB (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) — a PDB mirror especially for searching for nucleic acids
- (英文)Introductory PDB tutorial sponsored by PDB
- (英文)PDBe: Quick Tour on EBI Train OnLine (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
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