分類:2000年代日本漫畫作品
本分類收錄2000年代，以漫畫雜誌（連載或單篇）、網路漫畫、單行本、同人誌等形式發行的日本漫畫作品。
| 2000年代日本漫畫作品 |
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| 參見：2000年代日本動畫作品 |
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子分類
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- 2000年日本漫畫作品 (14個頁面)
- 2001年日本漫畫作品 (16個頁面)
- 2002年日本漫畫作品 (22個頁面)
- 2003年日本漫畫作品 (25個頁面)
- 2004年日本漫畫作品 (44個頁面)
- 2005年日本漫畫作品 (24個頁面)
- 2006年日本漫畫作品 (38個頁面)
- 2007年日本漫畫作品 (40個頁面)
- 2008年日本漫畫作品 (33個頁面)
- 2009年日本漫畫作品 (35個頁面)