細菌分類表

本表以原核生物標準命名列表（LPSN）的分類爲基礎（當前版本2024年1月13日），此分類代表原核生物分類的權威雜誌IJSEM的分類系統，同時參考美國國家生物技術信息中心分類（NCBI Taxonomy）。但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版以及中國典型培養物保藏中心（CCTCC），拉丁文意譯參考原核生物名稱(英文)網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。一些分類單元已經更名，但是中文名稱卻沒有更新，本表將沿用其舊名稱直至有新名稱發佈。

本表僅列至科級。

遙遠杆狀菌門（Abditibacteriota）

遙遠杆狀菌綱（Abditibacteriia）

1. 遙遠杆狀菌目（Abditibacteriales）
   1. 遙遠杆狀菌科（Abditibacteriaceae）

酸桿菌門（Acidobacteriota）

出芽小鏈菌綱（Blastocatellia）

1. 出芽小鏈菌目（Blastocatellales）
   1. 沙質土微菌科（Arenimicrobiaceae）
   2. 出芽小鏈菌科（Blastocatellaceae）
   3. 棲火山單胞菌科（Pyrinomonadaceae）
2. 目未定
   1. 科未定

全噬菌綱（Holophagae）

1. 石鱉桿菌目（Acanthopleuribacterales）
   1. 石鱉桿菌科（Acanthopleuribacteraceae）
2. 全噬菌目（Holophagales）
   1. 全噬菌科（Holophagaceae）
3. 嗜熱香腸狀菌目（Thermotomaculales）
   1. 嗜熱香腸狀菌科（Thermotomaculaceae）
4. 目未定
   1. 科未定

酸桿菌綱（Terriglobia）

1. 蘚桿菌目（Bryobacterales）
   1. 蘚桿菌科（Bryobacteraceae）
2. 酸桿菌目（Terriglobales）
   1. 酸桿菌科（Acidobacteriaceae）
   2. 科未定

嗜熱厭氧杆狀菌綱（Thermoanaerobaculia）

1. 嗜熱厭氧杆狀菌目（Thermoanaerobaculales）
   1. 嗜熱厭氧杆狀菌科（Thermoanaerobaculaceae）
2. 目未定

嗜鄰聚桿菌綱（Vicinamibacteria）

1. 嗜鄰聚桿菌目（Vicinamibacterales）
   1. 嗜鄰聚桿菌科（Vicinamibacteraceae）

放線菌門（Actinomycetota）

酸微菌綱（Acidimicrobiia）

1. 酸微菌目（Acidimicrobiales）
   1. 酸微菌科（Acidimicrobiaceae）
   2. 東大應微所菌科（Iamiaceae）
   3. 螢光桿菌科（Ilumatobacteraceae）
2. 目未定

放線菌綱（Actinomycetes）（高G+C革蘭氏陽性菌）

1. 熱酸菌目（Acidothermales）
   1. 熱酸菌科（Acidothermaceae）
2. 放線菌目（Actinomycetales）
   1. 放線菌科（Actinomycetaceae）
   2. 科未定
3. 雙歧桿菌目（Bifidobacteriales）
   1. 雙歧桿菌科（Bifidobacteriaceae）
4. 細鏈孢菌目（Catenulisporales）
   1. 叢生放線菌科（Actinospicaceae）
   2. 細鏈孢菌科（Catenulisporaceae）
5. 隱孢囊菌目（Cryptosporangiales）
   1. 隱孢囊菌科（Cryptosporangiaceae）
6. 弗蘭克氏菌目（Frankiales）
   1. 弗蘭克氏菌科（Frankiaceae）
   2. Vallicoccaceae
7. 地嗜皮菌目（Geodermatophilales）
   1. 天然洞穴球菌科（Antricoccaceae）
   2. 地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）
8. 糖黴菌目（Glycomycetales）
   1. 糖黴菌科（Glycomycetaceae）
9. 居麻瘋樹菌目（Jatrophihabitantales）
   1. 居麻瘋樹菌科（Jatrophihabitantaceae）
10. 姜氏菌目（Jiangellales）
    1. 姜氏菌科（Jiangellaceae）
11. 動孢菌目（Kineosporiales）
    1. 動孢菌科（Kineosporiaceae）
12. 北里孢菌目（Kitasatosporales）
    1. 鏈黴菌科（Streptomycetaceae）
13. 微球菌目（Micrococcales）
    1. 獲山氏菌科（Beutenbergiaceae）
    2. 博戈里亞湖菌科（Bogoriellaceae）
    3. 短桿菌科（Brevibacteriaceae）
    4. 纖維單胞菌科（Cellulomonadaceae）
    5. 去甲基醌菌科（Demequinaceae）
    6. 皮桿菌科（Dermabacteraceae）
    7. 皮生球菌科（Dermacoccaceae）
    8. 嗜皮菌科（Dermatophilaceae）
    9. 間孢囊菌科（Intrasporangiaceae）
    10. 瓊斯氏菌科（Jonesiaceae）
    11. 皮球菌科（Kytococcaceae）
    12. 微桿菌科（Microbacteriaceae）
    13. 微球菌科（Micrococcaceae）
    14. 鳥氨酸微菌科（Ornithinimicrobiaceae）
    15. 原小單孢菌科（Promicromonosporaceae）
    16. 稀有桿菌科（Rarobacteraceae）
    17. 阮氏菌科（Ruaniaceae）
    18. 科未定
14. 小單孢菌目（Micromonosporales）
    1. 小單孢菌科（Micromonosporaceae）
15. 運動桿菌目（Motilibacterales）
    1. 運動桿菌科（Motilibacteraceae）
16. 分枝桿菌目（Mycobacteriales）
    1. 棒狀桿菌科（Corynebacteriaceae）
    2. 迪茨氏菌科（Dietziaceae）
    3. 戈登氏菌科（Gordoniaceae）
    4. 保羅勞森菌科（Lawsonellaceae）
    5. 分枝桿菌科（Mycobacteriaceae）
    6. 諾卡氏菌科（Nocardiaceae）
    7. 慢反應脂肪酸菌科（Segniliparaceae）
    8. 冢村氏菌科（Tsukamurellaceae）
17. 中村氏菌目（Nakamurellales）
    1. 中村氏菌科（Nakamurellaceae）
18. 丙酸桿菌目（Propionibacteriales）
    1. 放線多形菌科（Actinopolymorphaceae）
    2. 克里布所菌科（Kribbellaceae）
    3. 類諾卡氏菌科（Nocardioidaceae）
    4. 丙酸桿菌科（Propionibacteriaceae）
19. 偽諾卡氏菌目（Pseudonocardiales）
    1. 偽諾卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）
20. 孢魚菌目（Sporichthyales）
    1. 孢魚菌科（Sporichthyaceae）
21. 孢囊菌目（Streptosporangiales）
    1. 擬諾卡氏菌科（Nocardiopsidaceae）
    2. 孢囊菌科（Streptosporangiaceae）
    3. 高溫單孢菌科（Thermomonosporaceae）
    4. 特熱邦菌科（Treboniaceae）
    5. 科未定

紅蝽菌綱（Coriobacteriia）

1. Anaerosomatales
   1. Anaerosomataceae
2. 紅蝽菌目（Coriobacteriales）
   1. 奇異菌科（Atopobiaceae）
   2. 紅蝽菌科（Coriobacteriaceae）
   3. 科未定
3. 伊格爾茲氏菌目（Eggerthellales）
   1. 伊格爾茲氏菌科（Eggerthellaceae）

腈基降解菌綱（Nitriliruptoria）

1. 生地所桿菌目（Egibacterales）
   1. 生地所桿菌科（Egibacteraceae）
2. 生地所球菌目（Egicoccales）
   1. 生地所球菌科（Egicoccaceae）
3. 尤澤比氏菌目（Euzebyales）
   1. 尤澤比氏菌科（Euzebyaceae）
4. 腈基降解菌目（Nitriliruptorales）
   1. 腈基降解菌科（Nitriliruptoraceae）
5. Salsipaludibacterales
   1. Salsipaludibacteraceae

紅色桿菌綱（Rubrobacteria）

1. 紅色桿菌目（Rubrobacterales）
   1. 紅色桿菌科（Rubrobacteraceae）

嗜熱油菌綱（Thermoleophilia）

1. 蓋亞女神菌目（Gaiellales）
   1. 蓋亞女神菌科（Gaiellaceae）
2. Miltoncostaeales
   1. Miltoncostaeaceae
3. 土壤紅桿菌目（Solirubrobacterales）
   1. 長白山菌科（Baekduiaceae）
   2. Capillimicrobiaceae
   3. 束縛菌科（Conexibacteraceae）
   4. 副束縛菌科（Paraconexibacteraceae）
   5. 小土壤桿菌科（Parviterribacteraceae）
   6. 擴展桿菌科（Patulibacteraceae）
   7. 土壤紅桿菌科（Solirubrobacteraceae）
4. 嗜熱油菌目（Thermoleophilales）
   1. 嗜熱油菌科（Thermoleophilaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

產水菌門（Aquificota）

產水菌綱（Aquificia）

1. 產水菌目（Aquificales）
   1. 產水菌科（Aquificaceae）
   2. 熱產水菌科（Hydrogenothermaceae）
2. 硫還原小桿菌目（Desulfurobacteriales）
   1. 硫還原小桿菌科（Desulfurobacteriaceae）

裝甲菌門（Armatimonadota）

裝甲菌綱（Armatimonadia）

1. 裝甲菌目（Armatimonadales）
   1. 裝甲菌科（Armatimonadaceae）
2. 莢膜單胞菌目（Capsulimonadales）
   1. 莢膜單胞菌科（Capsulimonadaceae）

土地單胞菌綱（Chthonomonadia）

1. 土地單胞菌目（Chthonomonadales）
   1. 土地單胞菌科（Chthonomonadaceae）

傘單胞菌綱（Fimbriimonadia）

1. 傘單胞菌目（Fimbriimonadales）
   1. 傘單胞菌科（Fimbriimonadaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

暗黑菌門（Atribacterota）

暗黑菌綱（Atribacteria）

1. 暗黑菌目（Atribacterales）
   1. 暗黑菌科（Atribacteraceae）

芽孢桿菌門（Bacillota）

芽孢桿菌綱（Bacilli）

1. 核衣細菌目（Caryophanales）
   1. 脂環酸芽孢桿菌科（Alicyclobacillaceae）
   2. 芽孢桿菌科（Bacillaceae）
   3. 核衣細菌科（Caryophanaceae）
   4. 脫硫芽胞桿菌科（Desulfuribacillaceae）
   5. 李斯特菌科（Listeriaceae）
   6. 類芽孢桿菌科（Paenibacillaceae）
   7. 巴斯德氏菌科（Pasteuriaceae）
   8. 芽孢乳桿菌科（Sporolactobacillaceae）
   9. 葡萄球菌科（Staphylococcaceae）
   10. 熱放線菌科（Thermoactinomycetaceae）
   11. 科未定
2. 乳桿菌目（Lactobacillales）
   1. 氣球菌科（Aerococcaceae）
   2. 肉桿菌科（Carnobacteriaceae）
   3. 腸球菌科（Enterococcaceae）
   4. 乳桿菌科（Lactobacillaceae）
   5. 鏈球菌科（Streptococcaceae）
3. 目未定
   1. 科未定

梭菌綱（Clostridia）

1. 真細菌目（Eubacteriales）
   1. Aristaeellaceae
   2. 熱糞桿菌科（Caldicoprobacteraceae）
   3. 克里斯滕森氏菌科（Christensenellaceae）
   4. 梭菌科（Clostridiaceae）
   5. 廢水桿菌科（Defluviitaleaceae）
   6. 脫亞硫酸菌科（Desulfitobacteriaceae）
   7. 真細菌科（Eubacteriaceae）
   8. 纖細桿菌科（Gracilibacteraceae）
   9. 太陽桿菌科（Heliobacteriaceae）
   10. 毛螺菌科（Lachnospiraceae）
   11. 顫螺菌科（Oscillospiraceae）
   12. 消化球菌科（Peptococcaceae）
   13. 嗜腖菌科（Peptoniphilaceae）
   14. 消化鏈球菌科（Peptostreptococcaceae）
   15. 噬蛋白質菌科（Proteinivoracaceae）
   16. 共生小桿菌科（Symbiobacteriaceae）
   17. 互營單胞菌科（Syntrophomonadaceae）
   18. 溪谷桿菌科（Vallitaleaceae）
   19. 解木聚糖杆狀菌科（Xylanivirgaceae）
   20. 科未定
2. 鹽厭氧菌目（Halanaerobiales）
   1. 鹽厭氧菌科（Halanaerobiaceae）
   2. 鹽擬桿菌科（Halobacteroidaceae）
   3. 科未定
3. Koleobacterales
   1. Koleobacteraceae
4. 鹽鹼厭氧菌目（Natranaerobiales）
   1. 鹽鹼厭氧菌科（Natranaerobiaceae）
   2. Natranaerofabaceae
5. 熱厭氧菌目（Thermoanaerobacterales）
   1. 熱厭氧菌科（Thermoanaerobacteraceae）
   2. 熱脫硫菌科（Thermodesulfobiaceae）
   3. 趙一章菌科（Zhaonellaceae）
   4. 科未定
6. 熱沉積物菌目（Thermosediminibacterales）
   1. 溫暖厭氧桿菌科（Tepidanaerobacteraceae）
   2. 熱沉積物菌科（Thermosediminibacteraceae）
7. 蒂西耶氏菌目（Tissierellales）
   1. Acidilutibacteraceae
   2. 戈特沙爾克氏菌科（Gottschalkiaceae）
   3. 蒂西耶氏菌科（Tissierellaceae）
8. 目未定
   1. 科未定

吸血蠓桿菌綱（Culicoidibacteria）

1. 吸血蠓桿菌目（Culicoidibacterales）
   1. 吸血蠓桿菌科（Culicoidibacteraceae）

丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）

1. 丹毒絲菌目（Erysipelotrichales）
   1. 糞桿菌科（Coprobacillaceae）
   2. 丹毒絲菌科（Erysipelotrichaceae）
   3. 蘇黎世桿菌科（Turicibacteraceae）

湖線菌綱（Limnochordia）

1. 湖線菌目（Limnochordales）
   1. 湖線菌科（Limnochordaceae）

厚壁菌綱（Negativicutes）

1. 氨基酸球菌目（Acidaminococcales）
   1. 氨基酸球菌科（Acidaminococcaceae）
2. 月形單孢菌目（Selenomonadales）
   1. 月形單孢菌科（Selenomonadaceae）
   2. 香蕉孢菌科（Sporomusaceae）
3. 韋榮氏菌目（Veillonellales）
   1. 韋榮氏菌科（Veillonellaceae）

熱石桿菌綱（Thermolithobacteria）

1. 熱石桿菌目（Thermolithobacterales）
   1. 熱石桿菌科（Thermolithobacteraceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

擬桿菌門（Bacteroidota）

擬桿菌綱（Bacteroidia）

1. 擬桿菌目（Bacteroidales）
   1. 擬桿菌科（Bacteroidaceae）
   2. 浴室胞菌科（Balneicellaceae）
   3. 巴恩斯氏菌科（Barnesiellaceae）
   4. 營發酵單胞菌科（Dysgonomonadaceae）
   5. 慢生微菌科（Lentimicrobiaceae）
   6. 海絲菌科（Marinifilaceae）
   7. 海滑菌科（Marinilabiliaceae）
   8. 鼠杆狀菌科（Muribaculaceae）
   9. 臭氣桿菌科（Odoribacteraceae）
   10. 棲泥沼桿菌科（Paludibacteraceae）
   11. 紫單胞菌科（Porphyromonadaceae）
   12. 普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）
   13. 伸長桿菌科（Prolixibacteraceae）
   14. 理研菌科（Rikenellaceae）
   15. 鹽分枝菌科（Salinivirgaceae）
   16. 坦納氏菌科（Tannerellaceae）
   17. Tenuifilaceae
   18. 威廉惠特曼菌科（Williamwhitmaniaceae）
   19. 科未定

噬幾丁質菌綱（Chitinophagia）

1. 噬幾丁質菌目（Chitinophagales）
   1. 噬幾丁質菌科（Chitinophagaceae）

噬纖維菌綱（Cytophagia）

1. 噬纖維菌目（Cytophagales）
   1. 貝爾納代氏菌科（Bernardetiaceae）
   2. 卡特琳娜島單胞菌科（Catalinimonadaceae）
   3. 印科工桿菌科（Cesiribacteraceae）
   4. 圓桿菌科（Cyclobacteriaceae）
   5. 噬纖維菌科（Cytophagaceae）
   6. 火色桿菌科（Flammeovirgaceae）
   7. 屈撓桿菌科（Flexibacteraceae）
   8. 黃褐桿菌科（Fulvivirgaceae）
   9. 薄層桿菌科（Hymenobacteraceae）
   10. Mangrovivirgaceae
   11. 居海杆狀菌科（Marivirgaceae）
   12. 微顫菌科（Microscillaceae）
   13. 戈登摩爾基金菌科（Mooreiaceae）
   14. 桃色桿菌科（Persicobacteraceae）
   15. 雷尼氏菌科（Raineyaceae）
   16. 賴興巴赫氏菌科（Reichenbachiellaceae）
   17. 粉紅杆狀菌科（Roseivirgaceae）
   18. Shiellaceae
   19. 螺狀菌科（Spirosomataceae）
   20. 熱屈撓桿菌科（Thermoflexibacteraceae）
   21. 棲熱線菌（Thermonemataceae）
   22. 科未定

黃桿菌綱（Flavobacteriia）

1. 黃桿菌目（Flavobacteriales）
   1. 蟑螂杆狀體科（Blattabacteriaceae）
   2. 藏紅花黃色線菌科（Crocinitomicaceae）
   3. 冷形菌科（Cryomorphaceae）
   4. 黃桿菌科（Flavobacteriaceae）
   5. 魚桿菌科（Ichthyobacteriaceae）
   6. Parvicellaceae
   7. 施萊費爾氏菌科（Schleiferiaceae）
   8. 威克斯氏菌科（Weeksellaceae）
   9. 科未定
2. 目未定
   1. 科未定

腐敗螺旋菌綱（Saprospiria）

1. 腐敗螺旋菌目（Saprospirales）
   1. 賴文氏菌科（Lewinellaceae）
   2. 腐敗螺旋菌科（Saprospiraceae）

鞘氨醇桿菌綱（Sphingobacteriia）

1. 鞘氨醇桿菌目（Sphingobacteriales）
   1. Aurantibacillaceae
   2. 線杆狀菌科（Filobacteriaceae）
   3. 鞘氨醇桿菌科（Sphingobacteriaceae）
   4. 科未定

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

巴紐爾斯菌門（Balneolota）

巴紐爾斯菌綱（Balneolia）

1. 巴紐爾斯菌目（Balneolales）
   1. 巴紐爾斯菌科（Balneolaceae）
   2. Cyclonatronaceae
   3. 蘇爾特菌科（Soortiaceae）

暖絲菌門（Caldisericota）

暖絲菌綱（Caldisericia）

1. 暖絲菌目（Caldisericales）
   1. 暖絲菌科（Caldisericaceae）

暖發菌門（Calditrichota）

暖發菌綱（Calditrichia）

1. 暖發菌目（Calditrichales）
   1. 暖發菌科（Calditrichaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

衣原體門（Chlamydiota）

衣原體綱（Chlamydiia）

1. 衣原體目（Chlamydiales）
   1. 衣原體目（Chlamydiaceae）
   2. 副衣原體科（Parachlamydiaceae）
   3. 芯卡體科（Simkaniaceae）
   4. 華診體科（Waddliaceae）
   5. 科未定

綠菌門（Chlorobiota）

綠菌綱（Chlorobiia）

1. 綠菌目（Chlorobiales）
   1. 綠菌科（Chlorobiaceae）

懶桿菌綱（Ignavibacteria）

1. 懶桿菌目（Ignavibacteriales）
   1. 懶桿菌科（Ignavibacteriaceae）
   2. 超桿菌科（Melioribacteraceae）

綠彎菌門（Chloroflexota）

厭氧繩菌綱（Anaerolineae）

1. 聚集線菌目（Aggregatilineales）
   1. 聚集線菌科（Aggregatilineaceae）
2. 厭氧繩菌目（Anaerolineales）
   1. 厭氧繩菌科（Anaerolineaceae）
   2. 科未定
3. 目未定
   1. 科未定

熱鏈菌綱（Ardenticatenia）

1. 熱鏈菌目（Ardenticatenales）
   1. 熱鏈菌科（Ardenticatenaceae）

暖繩菌綱（Caldilineae）

1. 暖繩菌目（Caldilineales）
   1. 暖繩菌科（Caldilineaceae）

綠彎菌綱（Chloroflexia）

1. 綠彎菌目（Chloroflexales）
   1. 綠彎菌科（Chloroflexaceae）
   2. 顫綠菌科（Oscillochloridaceae）
   3. 紅彎曲菌科（Roseiflexaceae）
   4. 科未定
2. 爬管菌目（Herpetosiphonales）
   1. 爬管菌科（Herpetosiphonaceae）
3. 細美菌目（Kallotenuales）
   1. 細美菌科（Kallotenuaceae）

脫鹵球菌綱（Dehalococcoidia）

1. 脫鹵球菌目（Dehalococcoidales）
   1. 脫鹵球菌科（Dehalococcoidaceae）
   2. 科未定

纖線桿菌綱（Ktedonobacteria）

1. 纖線桿菌目（Ktedonobacterales）
   1. 網狀桿菌科（Dictyobacteraceae）
   2. 纖線桿菌科（Ktedonobacteraceae）
   3. 細枝產孢菌科（Ktedonosporobacteraceae）
   4. Reticulibacteraceae
   5. 熱孢絲菌科（Thermosporotrichaceae）
2. 嗜熱芽殖孢菌目（Thermogemmatisporales）
   1. 嗜熱芽殖孢菌科（Thermogemmatisporaceae）

溫美人菌綱（Tepidiformia）

1. 溫美人菌目（Tepidiformales）
   1. 溫美人菌科（Tepidiformaceae）

熱彎菌綱（Thermoflexia）

1. 熱彎菌目（Thermoflexales）
   1. 熱彎菌科（Thermoflexaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

產金菌門（Chrysiogenota）

產金菌綱（Chrysiogenia）

1. 產金菌目（Chrysiogenales）
   1. 產金菌科（Chrysiogenaceae）

棲熱糞桿菌門（Coprothermobacterota）

棲熱糞桿菌綱（Coprothermobacteria）

1. 棲熱糞桿菌目（Coprothermobacterales）
   1. 棲熱糞桿菌科（Coprothermobacteraceae）

藍菌門（Cyanobacteriota）

漢語「藻」字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物。但此處仍按照「藻」翻譯此門的細菌，也可依據個人理念將名稱定爲「某菌」或「某藍菌」，但應注意避免與其餘細菌重名。

藍菌綱（Cyanophyceae）

1. Acaryochloridales
   1. Acaryochloridaceae
   2. 嗜熱聚球藻菌科（Thermosynechococcaceae）
2. 色球藻目（Chroococcales）
   1. 隱杆藻科（Aphanothecaceae）
   2. 色球藻科（Chroococcaceae）
   3. 石囊藻科（Entophysalidaceae）
   4. 雙囊藻科（Geminocystaceae）
   5. 真囊球藻科（Gomphosphaeriaceae）
   6. 微囊藻科（Microcystaceae）
   7. Skujapeltaceae
   8. 科未定
3. 擬色球藻目（Chroococcidiopsidales）
   1. 擬色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）
   2. 科未定
4. 束鞘藻目（Coleofasciculales）
   1. 束鞘藻科（Coleofasciculaceae）
   2. 威氏藻科（Wilmottiaceae）
5. 沙絲藻目（Desertifilales）
   1. 沙絲藻科（Desertifilaceae）
6. 蓋絲藻目Geitlerinematales
   1. 蓋絲藻科Geitlerinemataceae
7. Gloeomargaritales
   1. Gloeomargaritaceae
8. 戈芒藻目（Gomontiellales）
   1. 戈芒藻科（Gomontiellaceae）
   2. Konicacronemataceae
9. 細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）
   1. 細鞘絲藻科（Leptolyngbyaceae）
   2. 新聚球藻菌科（Neosynechococcaceae）
   3. Trichocoleaceae
10. 節線藻目（Nodosilineales）
    1. Cymatolegaceae
    2. 節線藻科（Nodosilineaceae）
11. 念珠藻目（Nostocales）
    1. 雙線藻科（Borzinemataceae）
    2. 眉藻科（Calotrichaceae）
    3. 蒴鏈藻科（Capsosiraceae）
    4. 綠膠藍菌科（Chlorogloeopsidaceae）
    5. Dapisostemonaceae
    6. Godleyaceae
    7. 軟管藻科（Hapalosiphonaceae）
    8. Heteroscytonemataceae
    9. 節球藻科（Nodulariaceae）
    10. 念珠藻科（Nostocaceae）
    11. Rhizonemataceae
    12. 膠須藻科（Rivulariaceae）
    13. 偽枝藻科（Scytonemataceae）
    14. 真枝藻科（Stigonemataceae）
    15. 單歧藻科（Tolypotrichaceae）
    16. 科未定
12. Oculatellales
    1. Oculatellaceae
13. 顫藻目（Oscillatoriales）
    1. 氣絲藻科（Aerosakkonemataceae）
    2. 博氏藻科（Borziaceae）
    3. 藍藻科（Cyanothecaceae）
    4. 葛萬藻科（Girvanellaceae）
    5. 須藻科（Homoeotrichaceae）
    6. Laspinemataceae
    7. 微鞘藻科（Microcoleaceae）
    8. 顫藻科（Oscillatoriaceae）
    9. 席藻科（Phormidiaceae）
    10. Sirenicapillariaceae
    11. Vermifilaceae
    12. 科未定
14. 泥線菌目（Pelonematales）
    1. 泥線菌科（Pelonemataceae）
15. 寬球藻目（Pleurocapsales）
    1. 水球藻科（Hydrococcaceae）
    2. 藍枝藻科（Hyellaceae）
    3. Leuconemataceae
    4. 寬球藻科（Pleurocapsaceae）
    5. 異球藻科（Xenococcaceae）
    6. 科未定
16. 螺旋藻目（Spirulinales）
    1. Lusitaniellaceae
    2. 螺旋藻科（Spirulinaceae）
17. Thermostichales
    1. Thermostichaceae
18. 目未定
    1. Alternantiaceae
    2. Camptotrichaceae
    3. 附枝藻科（Epiphytaceae）
    4. 科未定

脫鐵桿菌門（Deferribacterota）

脫鐵桿菌綱（Deferribacteres）

1. 脫鐵桿菌目（Deferribacterales）
   1. 脫鐵桿菌科（Deferribacteraceae）
   2. Deferrivibrionaceae
   3. 地弧菌科（Geovibrionaceae）

異常球菌門（Deinococcota）

異常球菌綱（Deinococci）

1. 異常球菌目（Deinococcales）
   1. 異常球菌科（Deinococcaceae）
2. 棲熱菌目（Thermales）
   1. 棲熱菌科（Thermaceae）
3. 特呂珀菌目（Trueperales）
   1. 特呂珀菌科（Trueperaceae）
4. 目未定
   1. 科未定

網團菌門（Dictyoglomerota）

網團菌綱（Dictyoglomeria）

1. 網團菌目（Dictyoglomerales）
   1. 網球菌科（Dictyoglomeraceae）

迷蹤菌門（Elusimicrobiota）

迷蹤菌綱（Elusimicrobia）

1. 迷蹤菌目（Elusimicrobiales）
   1. 迷蹤菌科（Elusimicrobiaceae）
2. 目未定
   1. 科未定

內生微菌綱（Endomicrobiia）

1. 內生微菌目（Endomicrobiales）
   1. 內生微菌科（Endomicrobiaceae）
   2. 科未定

纖維桿菌門（Fibrobacterota）

幾丁質螺菌綱（Chitinispirillia）

1. 幾丁質螺菌目（Chitinispirillales）
   1. 幾丁質螺菌科（Chitinispirillaceae）

幾丁質弧菌綱（Chitinivibrionia）

1. 幾丁質弧菌目（Chitinivibrionales）
   1. 幾丁質弧菌科（Chitinivibrionaceae）

纖維桿菌綱（Fibrobacteria）

1. 纖維桿菌目（Fibrobacterales）
   1. 纖維桿菌科（Fibrobacteraceae）

梭桿菌門（Fusobacteriota）

梭桿菌綱（Fusobacteriia）

1. 梭桿菌目（Fusobacteriales）
   1. 梭桿菌科（Fusobacteriaceae）
   2. Haliovirgaceae
   3. 纖毛菌科（Leptotrichiaceae）

芽單胞菌門（Gemmatimonadota）

芽單胞菌綱（Gemmatimonadia）

1. 芽單胞菌目（Gemmatimonadales）
   1. 芽單胞菌科（Gemmatimonadaceae）

長微菌綱（Longimicrobiia）

1. 長微菌目（Longimicrobiales）
   1. 長微菌科（Longimicrobiaceae）

聖誕島鹽菌門（Kiritimatiellota）

聖誕島鹽菌（Kiritimatiellia）

1. 聖誕島鹽菌（Kiritimatiellales）
   1. 聖誕島鹽菌（Kiritimatiellaceae）
   2. 黑海菌科（Pontiellaceae）
2. 目未定
   1. 科未定

童第周菌綱（Tichowtungiia）

1. 童第周菌目（Tichowtungiales）
   1. 童第周菌科（Tichowtungiaceae）

黏膠球形菌門（Lentisphaerota）

黏膠球形菌綱（Lentisphaeria）

1. 黏膠球形菌目（Lentisphaerales）
   1. 黏膠球形菌科（Lentisphaeraceae）
2. 食物谷菌目（Victivallales）
   1. 食物谷菌科（Victivallaceae）
3. 目未定

寡球形菌綱（Oligosphaeria）

1. 寡球形菌目（Oligosphaerales）
   1. 寡球形菌科（Oligosphaeraceae）

支原體門（Mycoplasmatota）

柔膜菌綱（Mollicutes）

1. 無膽甾原體目（Acholeplasmatales）
   1. 無膽甾原體科（Acholeplasmataceae）
2. 厭氧原體目（Anaeroplasmatales）
   1. 厭氧原體科（Anaeroplasmataceae）
3. 鹽漿體目（Haloplasmatales）
   1. 鹽漿體科（Haloplasmataceae）
4. 支原體目（Mycoplasmatales）
   1. 支原體科（Mycoplasmataceae）
   2. 螺原體科（Spiroplasmataceae）
5. 擬支原體目（Mycoplasmoidales）
   1. 類支原體科（Metamycoplasmataceae）
   2. 擬支原體科（Mycoplasmoidaceae）
6. 目未定
   1. 科未定

硝化刺菌門（Nitrospinota）

硝化刺菌綱（Nitrospinia）

1. 硝化刺菌目（Nitrospinales）
   1. 硝化刺菌科（Nitrospinaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

硝化螺旋菌門（Nitrospirota）

硝化螺旋菌綱Nitrospiria

1. 硝化螺旋菌目Nitrospirales
   1. 硝化螺旋菌科Nitrospiraceae
   2. 科未定

熱脫硫弧菌綱（Thermodesulfovibrionia）

1. 熱脫硫弧菌目（Thermodesulfovibrionales）
   1. Dissulfurispiraceae
   2. 熱脫硫弧菌科（Thermodesulfovibrionaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

浮黴菌門（Planctomycetota）

海藻球形菌綱（Phycisphaerae）

1. 海藻球形菌目（Phycisphaerales）
   1. 海藻球形菌科（Phycisphaeraceae）
2. 沉積物球形菌目（Sedimentisphaerales）
   1. 厭氧嗜鹽球菌科（Anaerohalosphaeraceae）
   2. 沉積物球形菌科（Sedimentisphaeraceae）
3. 中高溫球形菌目（Tepidisphaerales）
   1. 中高溫球形菌科（Tepidisphaeraceae）
   2. 科未定

浮黴菌綱（Planctomycetia）

1. 出芽菌目（Gemmatales）
   1. 出芽菌科（Gemmataceae）
   2. 科未定
2. 等球菌目（Isosphaerales）
   1. 等球菌科（Isosphaeraceae）
3. 小梨形菌目（Pirellulales）
   1. 棲湖小梨形菌科（Lacipirellulaceae）
   2. 小梨形菌科（Pirellulaceae）
   3. 嗜熱液口滴狀菌科（Thermoguttaceae）
4. 浮黴菌目（Planctomycetales）
   1. 浮黴菌科（Planctomycetaceae）
   2. 科未定

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

變形菌門（Pseudomonadota）

酸硫杆狀菌綱（Acidithiobacillia）

1. 酸硫杆狀菌目（Acidithiobacillales）
   1. 酸硫杆狀菌科（Acidithiobacillaceae）
   2. 熱硫杆狀菌科（Thermithiobacillaceae）

α-變形菌綱（Alphaproteobacteria）

1. 柄桿菌目（Caulobacterales）
   1. 柄桿菌科（Caulobacteraceae）
   2. 生絲單胞菌科（Hyphomonadaceae）
   3. 海莖狀菌科（Maricaulaceae）
   4. 科未定
2. 海洋菌保桿菌目（Emcibacterales）
   1. 海洋菌保桿菌科（Emcibacteraceae）
3. 全孢螺菌目（Holosporales）
   1. 全孢螺菌科（Holosporaceae）
4. 生絲微菌目（Hyphomicrobiales）
   1. 河口短桿菌科（Aestuariivirgaceae）
   2. 阿菲夫氏菌科（Afifellaceae）
   3. 阿倫斯氏菌科（Ahrensiaceae）
   4. 林桿菌科（Alsobacteraceae）
   5. 無形桿菌科（Amorphaceae）
   6. 臂微菌科（Ancalomicrobiaceae）
   7. 橙單胞菌科（Aurantimonadaceae）
   8. 巴通體科（Bartonellaceae）
   9. 拜葉林克氏菌科（Beijerinckiaceae）
   10. 芽生綠菌科（Blastochloridaceae）
   11. 博斯氏菌科（Boseaceae）
   12. 布羅漢菌科（Breoghaniaceae）
   13. 布魯氏菌科（Brucellaceae）
   14. 螯合球菌科（Chelatococcaceae）
   15. 黏着桿菌科（Cohaesibacteraceae）
   16. 德沃斯氏菌科（Devosiaceae）
   17. 生絲微菌科（Hyphomicrobiaceae）
   18. 凱斯特亞菌科（Kaistiaceae）
   19. 地衣桿菌科（Lichenibacteriaceae）
   20. 棲地衣菌科（Lichenihabitantaceae）
   21. 甲基桿菌科（Methylobacteriaceae）
   22. 甲基孢囊菌科（Methylocystaceae）
   23. 硝化桿菌科（Nitrobacteraceae）
   24. 背尖貝桿菌科（Notoacmeibacteraceae）
   25. 細小棒菌科（Parvibaculaceae）
   26. 水箱桿菌科（Phreatobacteraceae）
   27. 葉桿菌科（Phyllobacteriaceae）
   28. 多形單胞菌科（Pleomorphomonadaceae）
   29. 假黃桿菌科（Pseudoxanthobacteraceae）
   30. 好氣桿菌科（Rhabdaerophilaceae）
   31. 根瘤菌科（Rhizobiaceae）
   32. 紅菌科（Rhodobiaceae）
   33. 粉色弓形菌科（Roseiarcaceae）
   34. 鹽礦單胞科（Salinarimonadaceae）
   35. 慢生蒼白桿菌科（Segnochrobactraceae）
   36. 斯塔普氏菌科（Stappiaceae）
   37. 溫暖無形桿菌科（Tepidamorphaceae）
   38. 黃色桿菌科（Xanthobacteraceae）
   39. 科未定
5. 碘化物單胞菌目（Iodidimonadales）
   1. 碘化物單胞菌科（Iodidimonadaceae）
6. 柯迪單胞菌目（Kordiimonadales）
   1. 柯迪單胞菌科（Temperatibacteraceae）
7. 磁球菌目（Magnetococcales）
   1. 磁球菌科（Magnetococcaceae）
8. 深海彎曲桿菌目（Mariprofundales）
   1. 深海彎曲桿菌科（Mariprofundaceae）
   2. 科未定
9. 微消化菌目（Micropepsales）
   1. 微消化菌科（Micropepsaceae）
10. 吳敏菌目（Minwuiales）
    1. 吳敏菌科（Minwuiaceae）
11. 紅細菌目（Rhodobacterales）
    1. 新巨大線菌科（Neomegalonemataceae）
    2. 副球菌科（Paracoccaceae）
    3. 玫瑰桿菌科（Roseobacteraceae）
12. 紅螺菌目（Rhodospirillales）
    1. 醋桿菌科（Acetobacteraceae）
    2. 固氮螺菌科（Azospirillaceae）
    3. 雙生球菌科（Geminicoccaceae）
    4. 基爾螺菌科（Kiloniellaceae）
    5. 萊朗桿菌科（Reyranellaceae）
    6. 紅螺菌科（Rhodospirillaceae）
    7. 紅弧菌科（Rhodovibrionaceae）
    8. 星狀菌科（Stellaceae）
    9. 寺崎氏菌科（Terasakiellaceae）
    10. 深海杆狀菌科（Thalassobaculaceae）
    11. 海旋菌科（Thalassospiraceae）
    12. 扎瓦爾津氏菌科（Zavarziniaceae）
    13. 科未定
13. 紅海菌目（Rhodothalassiales）
    1. 紅海菌科（Rhodothalassiaceae）
14. 立克次體目（Rickettsiales）
    1. 埃里希氏體科（Ehrlichiaceae）
    2. 立克次體科（Rickettsiaceae）
    3. 科未定
15. 斯尼斯氏菌目（Sneathiellales）
    1. 斯尼斯氏菌科（Sneathiellaceae）
16. 鞘脂單胞菌目（Sphingomonadales）
    1. 赤桿菌科（Erythrobacteraceae）
    2. 鞘脂單胞菌科（Sphingomonadaceae）
    3. 鞘氨醇胞菌科（Sphingosinicellaceae）
    4. 發酵單胞菌科（Zymomonadaceae）
    5. 科未定
17. 目未定
    1. 科未定

β-變形菌綱（Betaproteobacteria）

1. 伯克氏菌目（Burkholderiales）
   1. 產鹼菌科（Alcaligenaceae）
   2. 伯克氏菌科（Burkholderiaceae）
   3. 叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）
   4. 草酸桿菌科（Oxalobacteraceae）
   5. 薩特氏菌科（Sutterellaceae）
   6. 科未定
2. 奈瑟菌目（Neisseriales）
   1. 色桿菌科（Chromobacteriaceae）
   2. 奈瑟菌科（Neisseriaceae）
3. 亞硝化單胞菌目（Nitrosomonadales）
   1. 嘉利翁氏菌科（Gallionellaceae）
   2. 嗜甲基菌科（Methylophilaceae）
   3. 亞硝化單胞菌科（Nitrosomonadaceae）
   4. 螺菌科（Spirillaceae）
   5. 甾醇桿菌科（Sterolibacteriaceae）
   6. 硫胞菌科（Sulfuricellaceae）
   7. 硫桿菌科（Thiobacillaceae）
   8. Usitatibacteraceae
4. 紅環菌目（Rhodocyclales）
   1. 固氮捲菌科（Azonexacea）
   2. 河水桿菌科（Fluviibacteraceae）
   3. 紅環菌科（Rhodocyclaceae）
   4. 動膠菌科（Zoogloeaceae）
5. 目未定
   1. 中科院微菌科（Casimicrobiaceae）
   2. 科未定

δ-變形菌綱（Deltaproteobacteria）

1. 慢生單胞菌目（Bradymonadales）
   1. 慢生單胞菌科（Bradymonadaceae）
   2. Microvenatoraceae
2. 鐵還原體目（Deferrisomatales）
   1. 鐵還原體科（Deferrisomataceae）
3. 脫硫盒菌目（Desulfarculales）
   1. 脫硫盒菌科（Desulfarculaceae）
4. 脫硫桿菌目（Desulfobacterales）
   1. 脫硫桿菌科（Desulfobacteraceae）
   2. 脫硫蔥狀菌科（Desulfobulbaceae）
   3. Desulfosudaceae
   4. Thiovibrionaceae
   5. 科未定
5. 脫硫弧菌目（Desulfovibrionales）
   1. 脫硫鹽菌科（Desulfohalobiaceae）
   2. 脫硫微菌科（Desulfomicrobiaceae）
   3. 脫硫鹽鹼桿菌科（Desulfonatronaceae）
   4. 脫硫弧菌科（Desulfovibrionaceae）
6. 硫還原菌目（Desulfurellales）
   1. 硫還原菌科（Desulfurellaceae）
7. 除硫單胞菌目（Desulfuromonadales）
   1. 除硫單胞菌科（Desulfuromonadaceae）
   2. 地桿菌科（Geobacteraceae）
   3. Syntrophotaleaceae
8. 硫歧化桿菌目（Dissulfuribacterales）
   1. 硫歧化桿菌科（Dissulfuribacteraceae）
9. 黏球菌目（Myxococcales）
   1. 厭氧黏桿菌科（Anaeromyxobacteraceae）
   2. 原囊黏菌科（Archangiaceae）
   3. 克夫勒氏菌科（Kofleriaceae）
   4. 黏球菌科（Myxococcaceae）
   5. 侏囊菌科（Nannocystaceae）
   6. 多囊菌科（Polyangiaceae）
   7. 橙色菌科（Sandaracinaceae）
   8. 流行桿菌科（Vulgatibacteraceae）
   9. 科未定
10. 互營桿菌目（Syntrophobacterales）
    1. 互營菌科（Syntrophaceae）
    2. 互營桿菌科（Syntrophobacteraceae）
11. 互養棍狀菌目（Syntrophorhabdales）
    1. 互養棍狀菌科（Syntrophorhabdaceae）
12. 目未定
    1. 科未定

ε-變形菌（Epsilonproteobacteria）

1. 彎曲菌目（Campylobacterales）
   1. 弓形菌科（Arcobacteraceae）
   2. 彎曲菌科（Campylobacteraceae）
   3. 螺桿菌科（Helicobacteraceae）
   4. 氫單胞菌科（Hydrogenimonadaceae）
2. 鸚鵡螺菌目（Nautiliales）
   1. 鸚鵡螺菌科（Nautiliaceae）
3. 目未定
   1. 反硝化菌科（Nitratiruptoraceae）
   2. 科未定

γ-變形菌綱（Gammaproteobacteria）

1. 嗜酸鐵氧化桿菌目（Acidiferrobacterales）
   1. 嗜酸鐵氧化桿菌科（Acidiferrobacteraceae）
2. 氣單胞菌目（Aeromonadales）
   1. 氣單胞菌科（Aeromonadaceae）
   2. 琥珀酸弧菌科（Succinivibrionaceae）
3. 交替單胞菌目（Alteromonadales）
   1. 交替單胞菌科（Alteromonadaceae）
   2. 快泳動單胞菌科（Celerinatantimonadaceae）
   3. 科爾韋氏菌科（Colwelliaceae）
   4. 鐵還原單胞菌科（Ferrimonadaceae）
   5. 海源菌科（Idiomarinaceae）
   6. 摩替亞氏菌科（Moritellaceae）
   7. 假交替單胞菌科（Pseudoalteromonadaceae）
   8. 冷單胞菌科（Psychromonadaceae）
   9. 希瓦氏菌科（Shewanellaceae）
   10. 科未定
4. 砂胞菌目（Arenicellales）
   1. 砂胞菌科（Arenicellaceae）
   2. 科未定
5. 貝日阿托氏菌目（Beggiatoales）
   1. 無色菌科（Achromatiaceae）
   2. 貝日阿托氏菌科（Beggiatoaceae）
   3. 苛求桿菌科（Fastidiosibacteraceae）
   4. 弗朗西斯菌科（Francisellaceae）
   5. 亮發菌科（Leucotrichaceae）
   6. 魚立克次氏體科（Piscirickettsiaceae）
6. 心桿菌目（Cardiobacteriales）
   1. 心桿菌科（Cardiobacteriaceae）
   2. 依格納季氏菌科（Ignatzschineriaceae）
   3. 牡蠣桿菌科（Ostreibacteriaceae）
7. 纖維弧菌目（Cellvibrionales）
   1. 纖維弧菌科（Cellvibrionaceae）
   2. 海仙菌科（Halieaceae）
   3. 微泡菌科（Microbulbiferaceae）
   4. 港口球菌科（Porticoccaceae）
   5. 海綿桿菌科（Spongiibacteraceae）
8. 着色菌目（Chromatiales）
   1. 着色菌科（Chromatiaceae）
   2. 外硫紅螺旋菌科（Ectothiorhodospiraceae）
   3. 顆粒狀球菌科（Granulosicoccaceae）
   4. 鹽紅螺旋菌科（Halorhodospiraceae）
   5. 鹽硫杆狀菌科（Halothiobacillaceae）
   6. 硫喜鹼桿菌科（Thioalkalibacteraceae）
   7. 硫鹼螺旋菌科（Thioalkalispiraceae）
   8. 深海硫氧化菌科（Thioprofundaceae）
   9. 向文洲菌科（Wenzhouxiangellaceae）
   10. 伍斯氏菌科（Woeseiaceae）
9. 腸桿菌目（Enterobacterales）
   1. 布傑約維采菌科（Budviciaceae）
   2. 腸桿菌科（Enterobacteriaceae）
   3. 歐文氏菌科（Erwiniaceae）
   4. 哈夫尼亞菌科（Hafniaceae）
   5. 摩根氏菌科（Morganellaceae）
   6. 溶果膠菌科（Pectobacteriaceae）
   7. 耶爾森氏菌科（Yersiniaceae）
10. 不淨土桿菌目（Immundisolibacterales）
    1. 不淨土桿菌科（Immundisolibacteraceae）
11. 軍團菌目（Legionellales）
    1. 柯克斯體科（Coxiellaceae）
    2. 軍團菌科（Legionellaceae）
    3. 科未定
12. 溶桿菌目（Lysobacterales）
    1. 溶桿菌科（Lysobacteraceae）
    2. 羅丹諾桿菌科（Rhodanobacteraceae）
13. 甲基球菌目（Methylococcales）
    1. 泉發菌科（Crenotrichaceae）
    2. 甲基球菌科（Methylococcaceae）
    3. 甲基熱菌科（Methylothermaceae）
    4. 科未定
14. 涅瓦菌目（Nevskiales）
    1. 嗜藻菌科（Algiphilaceae）
    2. 涅瓦菌科（Nevskiaceae）
    3. 鹹水球形菌科（Salinisphaeraceae）
    4. 類固醇桿菌科（Steroidobacteraceae）
15. 海洋螺菌目（Oceanospirillales）
    1. 泥沼桿菌科（Aestuariirhabdaceae）
    2. 食烷菌科（Alcanivoracaceae）
    3. 巴氏絲桿菌科（Balneatricaceae）
    4. 動物內生單胞菌科（Endozoicomonadaceae）
    5. 慶尚大學菌科（Gynuellaceae）
    6. 霍氏菌科（Hahellaceae）
    7. 鹽單胞菌科（Halomonadaceae）
    8. 康氏菌科（Kangiellaceae）
    9. Litorivicinaceae
    10. 嗜蘇打小螺菌科（Natronospirillaceae）
    11. 海洋螺菌科（Oceanospirillaceae）
    12. 嗜油菌科（Oleiphilaceae）
    13. 糖螺菌科（Saccharospirillaceae）
    14. 科未定
16. 孤菌目（Orbales）
    1. 孤菌科（Orbaceae）
    2. 科未定
17. 巴斯德氏菌目（Pasteurellales）
    1. 巴斯德氏菌科（Pasteurellaceae）
    2. 鸚鵡菌科（Psittacicellaceae）
18. 假單胞菌目（Pseudomonadales）
    1. 莫拉氏菌科（Moraxellaceae）
    2. 假單胞菌科（Pseudomonadaceae）
    3. 多變單胞菌科（Ventosimonadaceae）
    4. 科未定
19. 嗜鹽硫桿菌目（Thiohalobacterales）
    1. 嗜鹽硫桿菌科（Thiohalobacteraceae）
20. 硫鹽桿菌目（Thiohalorhabdales）
    1. 硫鹽桿菌科（Thiohalorhabdaceae）
21. 目未定
    1. 托賽爾氏菌科（Thorselliaceae）
    2. 科未定

嗜氫菌綱（Hydrogenophilia）

1. 嗜氫菌目（Hydrogenophilales）
   1. 嗜氫菌科（Hydrogenophilaceae）
2. 目未定
   1. 科未定

寡彎曲菌綱（Oligoflexia）

1. 貪食桿菌目（Bacteriovoracales）
   1. 貪食桿菌科（Bacteriovoracaceae）
   2. 鹽貪食桿菌科（Halobacteriovoracaceae）
2. 蛭弧菌目（Bdellovibrionales）
   1. 蛭弧菌科（Pseudobdellovibrionaceae）
3. 寡彎曲菌目（Oligoflexales）
   1. 寡彎曲菌科（Oligoflexaceae）
   2. 假貪食小桿菌科（Pseudobacteriovoracaceae）
4. 施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellales）
   1. 施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellaceae）

紅嗜熱鹽菌門（Rhodothermota）

紅嗜熱鹽菌綱（Rhodothermia）

1. 紅嗜熱鹽菌目（Rhodothermales）
   1. 紅嗜熱鹽菌科（Rhodothermaceae）
   2. 淡紅色球菌科（Rubricoccaceae）
   3. 鹽場桿菌科（Salinibacteraceae）
   4. 鹽剛毛菌科（Salisaetaceae）

螺旋體門（Spirochaetota）

螺旋體綱（Spirochaetia）

1. 短螺旋體目（Brachyspirales）
   1. 短螺旋體科（Brachyspiraceae）
2. Brevinematales
   1. Brevinemataceae
   2. Thermospiraceae
3. 鈎端螺旋體目（Leptospirales）
   1. 鈎端螺旋體科（Leptospiraceae）
4. 螺旋體目（Spirochaetales）
   1. 疏螺旋體科（Borreliaceae）
   2. Breznakiellaceae
   3. 球形髮絲菌科（Sphaerochaetaceae）
   4. 螺旋體科（Spirochaetaceae）
   5. 密螺旋體科（Treponemataceae）
5. 目未定
   1. 科未定

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

互養菌門（Synergistota）

互養菌綱（Synergistia）

1. 互養菌目（Synergistales）
   1. 嗜胺菌科（Aminiphilaceae）
   2. Aminithiophilaceae
   3. 脫硫代硫酸鹽弧菌科（Dethiosulfovibrionaceae）
   4. 互養菌科（Synergistaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. Thermosynergistaceae

熱脫硫桿菌門（Thermodesulfobacteriota）

熱脫硫桿菌綱（Thermodesulfobacteria）

1. 熱脫硫桿菌目（Thermodesulfobacteriales）
   1. 熱脫硫桿菌科（Thermodesulfobacteriaceae）

綱未定

1. 目未定
   1. 科未定

熱微菌門（Thermomicrobiota）

熱微菌綱（Thermomicrobia）

1. 球形桿菌目（Sphaerobacterales）
   1. 球形桿菌科（Sphaerobacteraceae）
2. 熱微菌目（Thermomicrobiales）
   1. 熱微菌科（Thermomicrobiaceae）
3. 目未定
   1. 科未定

熱袍菌門（Thermotogota）

熱袍菌綱（Thermotogae）

1. 廣宇袍菌目（Kosmotogales）
   1. 廣宇袍菌科（Kosmotogaceae）
2. 中度嗜酸袍菌目（Mesoaciditogales）
   1. 中度嗜酸袍菌科（Mesoaciditogaceae）
3. 石袍菌目（Petrotogales）
   1. 石袍菌科（Petrotogaceae）
4. 熱袍菌目（Thermotogales）
   1. 高溫桿菌科（Fervidobacteriaceae）
   2. 熱袍菌科（Thermotogaceae）

疣微菌門（Verrucomicrobiota）

豐祐菌綱（Opitutia）

1. 豐祐菌目（Opitutales）
   1. 豐祐菌科（Opitutaceae）
   2. 科未定
2. 紫紅球菌目（Puniceicoccales）
   1. 紫紅球菌科（Puniceicoccaceae）
3. 目未定
   1. 科未定

土生微菌綱（Terrimicrobiia）

1. 土生微菌目（Terrimicrobiales）
   1. 土生微菌科（Terrimicrobiaceae）

疣微菌綱（Verrucomicrobiia）

1. 疣微菌目（Verrucomicrobiales）
   1. 阿克曼氏菌科（Akkermansiaceae）
   2. 海生紅桿菌科（Rubritaleaceae）
   3. 疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）

綱未定

1. 淤泥球菌目（Limisphaerales）
   1. Fontisphaeraceae
   2. 淤泥球菌科（Limisphaeraceae）
2. 目未定
   1. 科未定