蝙蝠冠狀病毒Rf1 (Bat SARS CoV Rf1/2004)是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒 (SARSr-CoV)的一個病毒株,為SARS-CoV 相關病毒,在中國湖北 的馬鐵菊頭蝠 樣本中發現,於2005年發表。
發現
2004年3月至11月,研究人員在中國廣東 、天津 、廣西 與湖北 四省市採集蝙蝠樣本,在湖北宜昌 馬鐵菊頭蝠 的糞便樣本中發現SARS相關病毒 ,即Rf1病毒,於2005年和Rp3病毒 與Rm1病毒 一起被發表[ 1] 。
基因組
Rf1病毒的基因組 長29709nt [ 2] ,序列與SARS-CoV 的相似度為87.8%[ 3] ,其ORF8 和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列,為一完整的開放閱讀框 ,人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rf1與人類SARS病毒ORF8輔助蛋白大小完全相同(由122個胺基酸 組成),兩者胺基酸序列相似度為80%,相較之下Rp3與Rm1和SARS-CoV的ORF8胺基酸序列相似度僅有35%,但在刺突蛋白的S1區域,Rf1與Rp3及Rm1的關係比與SARS-CoV的關係接近,顯示這些病毒曾有基因重組發生[ 1] 。另外Rf1與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域 (receptor binding domain, RBD)有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失(但不見於WIV1病毒 與SHC014病毒 )[ 4] 。
演化樹
截至2021年1月 (2021-01 ) [update] ,SARS-CoV 與相關病毒株的系統發生樹 :
參考文獻
^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses . Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075 . doi:10.1126/science.1118391 (英語) .
^ Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome . NCBI . [2021-01-28 ] . (原始內容 存檔於2021-04-13).
^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 編. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus . Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X . PMC 4810638 . PMID 26719272 . doi:10.1128/JVI.02582-15 (英語) .
^ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 編. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination . Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X . PMC 4580176 . PMID 26269185 . doi:10.1128/JVI.01048-15 (英語) .
^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea . Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569 . PMC 7089380 . PMID 31076983 . doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英語) .
^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (編). Bats and Viruses . Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4 . doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英語) .
^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 編. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China . Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X . PMC 4054348 . PMID 24719429 . doi:10.1128/JVI.00631-14 (英語) .
^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor . Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G . ISSN 0028-0836 . PMC 5389864 . PMID 24172901 . doi:10.1038/nature12711 (英語) .