孔祐，南朝宋、南朝齊隱士，會稽郡山陰縣（今浙江省紹興市）人，孔子第二十八代孫，孔汪的孫子，江夏太守孔俟的兒子。
孔祐有至行，隱居四明山，曾見山谷中有數百斛錢，視之如瓦礫。曾有鹿中箭，孔祐為它養傷，鹿傷好後離去。會稽郡太守王僧虔稱他為古之遺德，請他擔任主簿，沒有就任。他的兒子孔道徽、孫子孔總。
