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有某基因的频率=该种群某基因的总数/该种群某基因和其等位基因的总数

如若二倍體生物的某一基因位點上有一對等位基因A和a，則該種群中相關的基因型可能有AA、Aa、aa三種，如果他們的個數分別是N1、N2、N3，則該種群

A的基因频率= 2 N1+ N2 / 2（ N1+ N2 +N3） ×100% 
a基因频率= N2+ 2N3 / 2（ N1+ N2 +N3） ×100%

當某基因位於性染色體上時，計算方法則與常染色有所差異。比如伴X染色體遺傳中，在Y染色體上往往沒有該基因和其等位基因（伴Y染色體遺傳中，則X染色體上沒有該基因和其等位基因），因此在計算基因的總數時，應只考慮X染色體（或Y染色體）上的基因總數。