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系统发育学是进化和基因组学领域的交叉。系统发育学通过比较整个基因组或至少大部分基因组来获取信息。它的四个主要领域属于系统发育学: 基因功能预测,进化关系的建立和辨析,基因家族进化预测和追溯横向基因转移。