艦隊司令部(德語:Flottenkommando)是納粹德國海軍的一個指揮機構,由1925年4月1日的「海上部隊總司令」(Oberbefehlshaber der Seestreitkräfte)一處改編而來,直到第二次世界大戰爆發前都一直直屬於海軍總司令之下,其最高負責人為「艦隊司令」(Flottenchef)。1939年9月1日二戰爆發後,「艦隊司令部」改由各處的「海軍集群司令部」直接指揮。1939年11月,「裝甲艦司令」(Befehlshaber der Panzerschiffe)接替「艦隊司令」之職,其原所屬船艦也併入艦隊司令部中。1940年10月,「艦隊司令部」也兼任「西部海軍司令」(Seebefehlshaber West)職務。1942年夏,「潛艇司令」從「艦隊司令部」中獨立出來。1943年3月,艦隊司令部併入「海軍北方集群司令部」(Marinegruppenkommando Nord)之下,但保有自己的幕僚團隊。
歷任艦隊司令
海軍中將 Conrad Mommsen,任期:1925年4月1日—1927年9月29日
海軍中將 Iwan Christian Hermann Oldekop,任期:1927年9月30日—1931年9月30日