舰队司令部(德语:Flottenkommando)是纳粹德国海军的一个指挥机构,由1925年4月1日的“海上部队总司令”(Oberbefehlshaber der Seestreitkräfte)一处改编而来,直到第二次世界大战爆发前都一直直属于海军总司令之下,其最高负责人为“舰队司令”(Flottenchef)。1939年9月1日二战爆发后,“舰队司令部”改由各处的“海军集群司令部”直接指挥。1939年11月,“装甲舰司令”(Befehlshaber der Panzerschiffe)接替“舰队司令”之职,其原所属船舰也并入舰队司令部中。1940年10月,“舰队司令部”也兼任“西部海军司令”(Seebefehlshaber West)职务。1942年夏,“潜艇司令”从“舰队司令部”中独立出来。1943年3月,舰队司令部并入“海军北方集群司令部”(Marinegruppenkommando Nord)之下,但保有自己的幕僚团队。
历任舰队司令
海军中将 Conrad Mommsen,任期:1925年4月1日—1927年9月29日
海军中将 Iwan Christian Hermann Oldekop,任期:1927年9月30日—1931年9月30日