行都指揮使司，簡稱行都司，是明朝設立在軍務繁多、地處衝要的軍事指揮機關。
行都司制度同都指揮使司，每個都司設都指揮使一人（正二品）、都指揮同知二人（從二品）、都指揮僉事四人（正三品）。下設經歷司經歷、斷事官斷事等。一共設立五個行都司：陝西行都指揮使司（駐河州），山西行都指揮使司（駐大同），福建行都指揮使司（駐建寧），湖廣行都指揮使司（駐鄖陽），四川行都指揮使司（駐建昌）。洪武年間改北平都指揮使司為北平行都指揮使司，永樂初改為大寧都指揮使司。
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